某些子宫内的病毒感染所致先天畸形多伴先天性心脏病，如风疹病毒综合 征。因此妊娠期尤其妊娠早期预防病毒感染是重要措施。妊娠期服用某些药物如，亦可导致心脏畸形。
重视母亲的妊娠期保健。糖尿病、癫痫等病的患者应在医生的指导下决定结婚、怀孕时间。女同志应在妊娠前适当增加营养，加强体育锻炼，以增强抗病能力。
长期接触放射线或接受放射线治疗要在脱离放射线半年后再妊娠。
经常接触各种农药、化学药物的妇女应加强防护措施，不用或少用四环素、磺胺、苯丙胺，孕酮类、雌激素类，抗惊厥药和激素类药物，不用含激素的化妆品。
母亲酗酒，婴儿可患酒精中毒综合征，常伴发室间隔缺损、动脉导管未闭、房间隔缺损、法洛氏四联症等，因此夫妻双方都应戒烟戒酒。
国内胎儿超声心动图开展了很长时间，如果父母曾患先天性心脏病，或曾有患先天性心脏病的子女，再妊娠时提倡做胎儿超声心动图，以利于早期检出患先天性心脏病的胎儿，若为复杂或难治性先天性心脏病可考虑早期引产。
